Οι νησιωτικές κοινωνίες αντιμετωπίζουν επείγοντα ζητήματα ερημοποίησης και μακροχρόνια ζητήματα απομόνωσης από τις κεντρικές αγορές προϊόντων στις οποίες αναπτύσσονται οι οικονομίες κλίμακας.
Ως αποτέλεσμα αυτών είναι αναγκασμένες να επιβαρύνονται με το επιπλέον κόστος θαλάσσιας μεταφοράς ανθρώπων και προϊόντων στα νησιά σε σχέση με τη χερσαία μεταφορά στην ενδοχώρα. Το επιπλέον αυτό κόστος είναι από τις κύριες αιτίες ενδοπεριφερειακών ανισοτήτων, μείωσης του νησιωτικού πληθυσμού και αποτροπής ίδρυσης και παραμονής των επιχειρήσεων στα νησιά. Η εφαρμογή του μεταφορικού ισοδύναμου εναρμονίζει αυτό το κόστος μετακίνησης επιβατών και εμπορευμάτων, από και προς τα νησιά.
Για το σκοπό αυτό συνυπολογίζονται η τιμή της χερσαίας μεταφοράς ανά χιλιόμετρο, ο ναύλος ανά ναυτικό μίλι, οι μιλιομετρικές αποστάσεις των λιμένων διασύνδεσης των νησιών, οι ΜμΕ με έδρα τα νησιά και αντικείμενο το εμπόριο, τον τουρισμό και τη μεταποίηση , ο όγκος της εμπορευματικής κίνησης ανά λιμένα φόρτωσης - εκφόρτωσης, ώστε να καθοριστεί η ισοτιμία του δυσανάλογου κόστους θαλάσσιας μεταφοράς, σε σχέση μ' αυτό της χερσαίας.
Για τις μεταφορές αγαθών από λιμένα στεριάς σε νησιωτικό λιμένα ορίζεται επιδότηση του επιπλέον κόστους μεταφοράς των προϊόντων από και προς τα νησιά, επιχορηγώντας με βάση αντικειμενικά και κλιμακωτά κριτήρια τις μικρομεσαίες επιχειρήσεις με έδρα τα νησιά και εγγεγραμμένα στο αντίστοιχο Γενικό Εμπορικό Μητρώο (Γ.Ε.ΜΗ.) που επιβαρύνονται το κόστος αυτό.